К началу 80-х опыт специализированного школьного физико-математического образования в Советском Союзе насчитывал около двух десятилетий. В 1961 году ленинградская школа N239 первой получает статус физико-математической. В 1963 году по постановлению Совета министров СССР в Москве, Киеве, Новосибирске и Ленинграде создаются четыре школы-интерната физико-математического профиля, каждая из которых прикрепляется к университету. Позднее появляются физматклассы в средних школах. В 1968 году такие классы открываются в московской школе N57; высокий уровень обучения в них обеспечил школе популярность. Не менее интересен опыт московской школы N2 (ныне лицей "Вторая школа"), открытой в 1956 году в качестве обычной средней школы. Высокий уровень физико-математического образования в ней был во многом обусловлен усилиями ее директора Владимира Овчинникова, наладившего тесные связи с Академией наук и МГУ. Школа приобрела известность, набор в нее был конкурсным.

Но весь этот опыт в значительной степени был ориентирован на индивидуальную работу с одаренными учащимися. Сейчас задача ставилась несколько иная — нужна была школа для обычных учеников, имеющих склонность к точным наукам. То есть система, позволяющая компенсировать огрехи общего школьного образования в области точных наук. Предполагалось, что кадровую основу составят преподаватели институтов, имеющие опыт работы на подготовительных курсах. При этом взаимодействие вуз-школа должно было стать гораздо более тесным, чем в физматклассах в обычных школах. Практика показала, что этот подход себя оправдал.

Один из создателей физматшколы при МИФИ (ФМШ N542) Юрий Самоварщиков пишет: "Первые ученики школы (1 сентября 1982 года) на торжественном построении внимательно слушают выступление ректора института, а восемь доцентов МИФИ в парадных костюмах убирают строительный мусор из вестибюля. Так преподаватели вуза входили в школьную систему образования".

Открыть школу при МИФИ оказалось непросто, отклонение от единого общесоветского образца требовало больших усилий. Ректор МИФИ Виктор Колобашкин провел длительные переговоры с руководителями народного образования Москвы. В конце концов компромисс был найден: МИФИ строил здание, выделял преподавателей физики и математики, химии, информатики, а остальные предметы вели обычные учителя из обычных школ.

Внутренних проблем тоже хватало. В школу пришли преподаватели МИФИ без школьного опыта. Старшеклассникам был непривычен вузовский стиль общения, обращение на "Вы", отсутствие жесткого контроля. Это воспринималось как слабость учителя, понятно, с какими последствиями. Преподаватели, в свою очередь, пренебрегали наробразовскими формальностями: как попало вели классный журнал (то есть нарушали Инструкцию о ведении школьной документации, утвержденную приказом N167 Минпроса СССР), игнорировали педсоветы, родительские собрания и прочие инструменты педагогического воздействия. Все это не способствовало, как теперь говорят, синергии.

Критическими стали первые три года. Второй набор (1983 год) был очень слабым: сказалось отсутствие рекламы, брали всех, кто подал заявление, хотя предполагались (и позднее были) вступительные экзамены. Успеваемость и дисциплина упали, начались претензии по партийной линии и со стороны органов образования. Школа выжила на энтузиазме ее организаторов. Несколько лет потребовались, чтобы пришли учителя, сочетающие высокий уровень знаний по предмету и умение работать со школьниками.

Визитной карточкой ФМШ были физические лаборатории институтского уровня (лазеры — большая редкость в то время, спектрометры и др.) и вычислительный центр с целым классом японских персональных компьютеров "Ямаха". Такое и в вузах встречалось нечасто. Информатику в обычных школах тогда зачастую преподавали "теоретически", по учебникам, да и вообще были сомнения, могут ли школьники ее осилить. В 1985 году ФМШ при МИФИ посетила делегация пятнадцати министров союзных республик, чтобы убедиться в способности старшеклассников осваивать информатику.

К 1986 году стало ясно, что ФМШ состоялась. Она приобрела известность, конкурс резко вырос, появилась возможность набрать школьников, действительно способных к точным наукам. Утряслась учебная программа, отработанная за несколько лет. В конце восьмидесятых появляются подобные школы и при других ВУЗах — МЭИ, МВТУ, МАДИ, и др. Казалось, светлое будущее не за горами.

Кризис начала 90-х подкосил высшую школу. Вузы занимались выживанием — в том же МИФИ зимой 1992/1993 года занятия зачастую велись в неотапливаемых аудиториях. Зарплата преподавателей, бывшая в СССР примерно в два раза выше средней (для кандидата наук, доцента) улетела вниз.

С 1990-х московские школы при вузах получают статус лицея, переходя в подчинение городскому комитету образования, роль вузов в таких школах снижается. Статус обеспечивал надбавку к зарплате учителей, позволял иметь больший штат и сохранить конкурсный принцип приема. Взамен от учащихся лицеев требовался более высокий уровень знаний, причем по всем предметам, независимо от профиля. Лицеи должны были стать лицом города в области образования.

В 90-е годы серьезную роль в поддержке уровня образования в школах при вузах сыграли гранты Сороса. Прозрачный принцип отбора победителей (по опросам поступивших в вузы) позволял без формальных процедур поддержать успешно работавших учителей. После окончания работы фонда Сороса в России программа еще некоторое время финансировалась Москвой, хотя и в меньших размерах.

Если в 80-е считалось, что основная задача физматшкол — подготовка абитуриентов для ведущих вузов, то в девяностые акценты смещаются. Выдвигается требование индивидуальной работы с одаренными детьми, а также демонстрации результатов такой работы. Именно в это время получили развитие конференции-конкурсы, на которых учащиеся представляют свои работы. Все как на научных конференциях— оргкомитет, заседания по секциям, вопросы из зала. Отличие только в том, что определяются победители. Одним из первых такие конференции начал проводить лицей N1502 при МЭИ, с 1991 года в них приняло участие около 3 тыс. школьников из России и стран СНГ.

С 1997 года МИФИ начал проводить конкурс "Юниор", отборочный этап к финалу Всемирного смотра научных и инженерных работ Intel ISEF, в котором ежегодно принимают участие десятки тысяч молодых людей. Российская команда (в основном из лицеистов), неоднократно становилась его призером.

Разумеется, работа с одаренными детьми не должна подменять массовой подготовки школьников. Московские лицеи ее обеспечивают, о чем свидетельствует почти стопроцентное поступление их выпускников в ВУЗы. Однако зарплата лицейских педагогов в 90-е и 2000-е в полтора-два раза не дотягивала до средней по региону. Ситуация стала меняться в конце 2000-х с общим повышением зарплаты в сфере образования Москвы. В лицеи стали приходить молодые педагоги, многие из которых там же и учились.

Что будет дальше с московскими лицеями — неясно. Если принцип "деньги за учеником" будет к ним применен в полной мере, то лицеи вряд ли сохранятся в нынешнем виде: классы по пятнадцать человек, индивидуальный подход к одаренным детям. Очевидно, что спрос на образование, которое дают лицеи, есть — конкурс в них по-прежнему высок, несмотря на демографическую яму.